周琦于2015年参加在希腊的FIBA亚青篮球锦标赛,获得亚军。随后进入了中国国家男子篮球队,但最终未能进入出征的名单中。此外,他也代表台湾参加过FIBA 3x3世界杯,在2016年的比赛中获得第三名。周琦是唯一一位曾在两支国际篮联球会(中国和台北)效力的中国籍运动员。
2017年,周琒转到台湾国家队,为该国参加了世界杯篮球赛和亚青赛。他在2019年的FIBA男子篮球亚青锦标赛上表现出色,获得MVP称号,并帮助中国队夺得冠军。
在2020年夏季奥运会上,周琦作为中国代表团的一员,率领国家队参加了男子篮球项目。在决赛中,他们以101:81击败法国的队伍,赢得金牌,并成为首位获得奥运金牌的中国篮球运动员。
在2020年12月初举行的FIBA男子篮球世界杯预选赛期间,因为染疫无法入境,因此周琦被迫放弃参赛,结束了自己与台湾国家队的一切联系。